Kaplica pod wezwaniem św. Szymona z Lipnicy jest usytuowana po prawej stronie prezbiterium, w przedłużeniu nawy północnej, stanowi ośrodek kultu Świętego, którego beatyfikacja miała miejsce w 1685 r., a kanonizacja w3 czerwca 2007 r. Ołtarz w kaplicy został wykonany z czarnego marmuru (z Dębnika koło Czernej). Stanowi dzieło mistrza kamieniarskiego Marcina Krystiana z Kazimierza, ukończone w 1662 r. Relikwie świętego Szymona przeniesiono w uroczystej procesji z katedry wawelskiej dopiero w 1686 roku, w rok po wydaniu dekretu beatyfikacyjnego (Relikwie Szymona przeniesiono do katedry na Wawelu przed zburzeniem kościoła w 1656 r.).

Ołtarz w swoim wystroju składa się z menzy na cokole z przylegającą rzeźbą Szymona w pozycji leżącej. W 1945 r. przesunięto ołtarz wraz z sarkofagiem od ściany zachodniej, do której przylegał, w kierunku środka kaplicy. Antependium ołtarzowe jest dziełem rzeźbiarza Jacka Zielaskiego z wieku XVII. Ma charakter płaskiego ornamentu, pokrytego roślinnym wzorem, w który wkomponowano owal z herbem Śreniawa z inicjałami fundatorów kaplicy, Jana Lipskiego, starosty sądeckiego i jego żony Zofii. Nastawę ołtarza (retabulum) na ścianie zachodniej, wspartą na pilastrach, zwieńczoną kartuszem z herbem Śreniawa wypełnia nisza, zabudowana przez obraz przedstawiający św. Szymona w scenie z „próbą ognia”, symbolizującej wierność i posłuszeństwo nowicjuszy wobec Reguły zakonnej i przełożonych. Obraz został namalowany w roku beatyfikacji Szymona (1685) przez wileńskiego malarza Jana Gotharda Berkhoffa. Malarz ten w swojej sztuce ulegał wpływom malarstwa Franciszka Lekszyckiego. W tle sceny „próby ognia” zostały zaznaczone przez artystę sceny: „sadzenie dębu” przez nowicjuszy oraz czerpanie wody ze studni Szymonowej. W posadzce kaplicy była umieszczona płyta nagrobna rodziny Lipskich z roku 1677. Obecnie wmurowano ją w ścianę zachodnią w holu między kościołem a konwentem. Kaplicę św. Szymona wypełnia jeszcze jeden obraz, wiszący na ścianie zachodniej, związany tematycznie z hagiografią Świętego. Również i ten obraz należy włączyć do kręgu wpływów Franciszka Lekszyckiego i odnieść do drugiej połowy XVII wieku.

Kaplicę św. Szymona rozświetla okno witrażowe, zaprojektowane przez artystę malarza Józefa Mehoffera (†1946), związanego z grupą malarzy Młodej Polski. Artysta przedstawia temat apoteozy św. Szymona z Lipnicy (Witraż został wykonany w zakładzie B. Buczka w Krakowie w roku 1946.). Kaplicę Szymona zdobią też malowidła ścienne, wykonane przez Adama Stalony Dobrzańskiego i Ludwika Gardowskiego w roku 1945. Są to zarysy kościołów bernardyńskich w Polsce. W ostatnich latach, przed kanonizacją św. Szymona z Lipnicy, staraniem kustosza klasztoru o. Fidelisa Maciołka przeprowadzono gruntowną.