Kościół i klasztor w Krakowie u stóp Wawelu powstał w r.1453 dzięki fundacji biskupa krakowskiego Zbigniewa Oleśnickiego i dzięki poparciu króla Kazimierza Jagiellończyka. Na zaistnienie tego faktu wpłynęła obecność w Krakowie św. Jana Kapistrana (+1456), włoskiego kaznodziei i misjonarza, który z upoważnienia papieża i na zaproszenie króla polskiego, wygłaszał płomienne kazania nawołujące wiernych do pokuty i do zreformowania życia religijnego. Janowi udało się zachęcić wielu ludzi związanych z Akademią Krakowską do życia w zakonie opartym na regule św. Franciszka z Asyżu. Jego obecność w Krakowie zapoczątkowała w naszym kraju wspólnotę braci mniejszych ?de observantia?. Braci należących do tej wspólnoty nazywano w Polsce bernardynami. Początek tej nazwie dał pierwszy klasztor w Krakowie pw. Św. Bernardyna ze Sieny (kanonizowanego w 1450 r.). Do konwentu krakowskiego należało wielu wybitnych zakonników, uczonych i cieszących się opinią świętości, m. in. bł. Szymon z Lipnicy (+1482), Michał Bal (+1496), profesor Krakowskiej Akademii i kandydat na arcybiskupstwo praskie; bł. Władysław z Gielniowa (+1505); sługa Boży Rafał z Proszowic (+1534); Jan Szklarek (+1515), związany wcześniej z Akademią Krakowską, Jan ze Stobnicy (+1530), filozof i profesor tejże Akademii oraz Bernardyn z Żarnowca (+1482), sławny iluminator i miniaturzysta rękopisów i wielu innych.

Drewniane budowle kościoła i klasztoru zastąpiono w 1454 r. budowlą nieco większego, murowanego kościoła i klasztoru z dotacji bpa Zbigniewa Oleśnickiego. Po śmierci fundatora kontynuowali budowę: kanonik krakowski Jan Długosz, a po nim Marcin Bełza, syndyk klasztoru bernardynów. Rozpoczęta w r. 1454 budowa trwała jeszcze po r. 1500. Kościół gotycki, jednonawowy, z wieżą od frontu, wewnątrz został pokryty malowidłami (polichromią) bernardyńskiego malarza Franciszka z Sieradza (+1516). Obraz w nastawie głównego ołtarza, dzieło bernardyńskiego malarza Franciszka Węgrzyna (+1484), związany był z wezwaniem świątyni i przedstawiał św. Bernardyna ze Sieny. Z tego wystroju zachowały się do dziś jedynie: rzeźba "św. Anny Samotrzeć", wykonana w warsztacie Wita Stwosza i rzeźba Chrystusa Frasobliwego, nieznanego artysty.

Najazd szwedzki w 1655 roku spowodował zniszczenie dawnego gotyckiego zabudowania. Obecny kościół w stylu wczesnobarokowym, wzniesiony w latach 1659-1680 z funduszów Zofii Ługowskiej i Stanisława Witowskiego, kasztelana sandomierskiego, zaprojektował Krzysztof Mieroszewski. Wystrój wnętrza uzupełniano jeszcze w ciągu XVIII w. Zachował się do naszych czasów ołtarz z czarnego marmuru, dedykowany bł. Szymonowi z Lipnicy, dzieło wybitnego krakowskiego mistrza kamieniarskiego z drugiej połowy XVII w., Jacka Zielaskiego i obrazy bernardyńskiego malarza o. Franciszka Lekszyckiego (+1668): "Ostatnia Wieczerza", "Pierwszy Upadek Pana Jezusa", "Ukrzyżowanie" i kilka mniejszych, a wśród nich prawdopodobnie "Taniec śmierci".

Kościół był wielokrotnie restaurowany. Po wojnie, w r.1945 odnowiono kaplicę bł. Szymona z Lipnicy i ubogacono ją witrażem okiennym Józefa Mehoffera (+1946).

Konwent krakowski jako dom macierzysty odgrywa nadal główną rolę w polskiej zakonnej prowincji bernardynów i jest siedzibą prowincjałatu. Od roku 1959 mieści się tutaj Archiwum Prowincji oraz Centralna Biblioteka Starodruków Prowincji. W latach 1963-1993 mieściło się tutaj studium filozofii Wyższego Seminarium Duchownego OO. Bernardynów, a od 1993 r. znajduje się tutaj postulat prowincji. Obecnie bernardyni krakowscy prowadzą trzy kapelanie: u Sióstr Bernardynek przy ul. Poselskiej, w Szpitalu Reumatologicznym przy ul. Focha i w Domu Pomocy Społecznej im. Świętego Brata Alberta w Ojcowie. Przy klasztorze od czasu fundacji istnieje liczna wspólnota Franciszkańskiego Zakonu Świeckich. Istnieje także Franciszkańska Unia Misyjna i Bractwo Niepokalanego Poczęcia.