W październiku 2011 r zakończyły się rozpoczęte w  2010r. kompleksowe prace konserwatorskie przy dekoracji i wyposażeniu wnętrza obu ramion transeptu kościoła.
Kontynuowano konserwację wnętrza kościoła zgodnie z przyjętym już wcześniej dla prezbiterium założeniem przywrócenia temu wnętrzu jego pierwotnego barokowego charakteru.
Po usunięciu wtórnych przemalowań i zatarć ze ściań i sklepień wykonane zostały wzmocnienia ich konstrukcji poprzez wykonanie iniekcji oraz wklejenie taśm z włókna węglowego w miejscach pęknięć i rozwarstwień murów.  Wykonano tez wzmocnienie sklepień poprzez naklejenie na ich grzbietowej stronie pasów siatki  Ruredil.   Poddano pełnej konserwacji odsłonietą  XVIIw. sztablaturę sklepień i dekorację  sztukatorską sklepień oraz gzymsów. Ściany i sklepienia wraz z dekoracją sztukatorską opracowano kolorystycznie zgodnie z ich barokową aranżacją kolorystyczną ustaloną  w latach poprzednich przy pracach w prezbiterium kościoła.
W ramach prac poddano konserwacji  XVIIw.  ołtarze : pw. „Ukrzyżowania” i „ Ostatni upadek Pana Jezusa pod Krzyżem" . Ołtarze te należą do najstarszych elementów wyposażenia kościoła. Po pracach odzyskały swą pierwotna kolorystykę . Umieszczone w nich malowane na płótnie obrazy  Franciszka Lekszyckiego reprezentują wysoki poziom barokowego malarstwa w Krakowie. Zostały one poddane  gruntownej konserwacji  po której  nabito je na nowe krosna o specjalnej aluminiowo- drewnianej konstrukcji samonaprężającej mającej  zadanie utrzymywać optymalne napięcie obrazów.
Wykonano konserwację pozostałych elemantów  wyposażenia tj  drewnianych rzeźbionych Stacji Drogi Krzyżowej, rzeźb i feretronów.
Całość prac wykonano z dotacji Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zaspołów Zabytkowych Krakowa.

W drugiej połowie listopada rozpoczął się kolejny etap prac renowacyjnych. Jest on możliwy dzięki naszym darczyńcom:
- konserwację ołtarza pw. św.Antoniego  sponsoruje Karpacka Spółka Gazownictwa sp. z o.o. w Tarnowie;
- konserwację ołtarza pw. ECCE HOMO sponsoruje EuRoPol Gaz s.a. Warszawa;
- konserwację ołtarza pw. bł. Anastazego Pankiewicza sponsoruje GAZ-SYSTEM S.A Warszawa;
- konserwację ołtarza pw. św. Jana Chrzciciela i błog.Jana Pawła II sponsoruje Firma” Conhpol”, Konopka Henryk i Konopka Janina.